Durch Komplement-Aktivierung und anschliessende Lysis werden viele nicht-adaptive Protozoen im Blut abgetötet. Auch andere Plasmabestandteile können parasitizide Wirkung haben, beispielsweise Lipoproteine, die Trypanosomen zerstören können.

Viele Mikroparasiten werden durch Phagozytose eliminiert. Die wichtigsten Phagozyten bei Vertebraten sind Makrophagen und neutrophile Granulozyten. Die Phagozytose ist ein mehrstufiger Prozess, bei dem die Erkennung gewisser Muster auf den Parasiten (oder gebundene C3-Komponenten des Komplements) zur Aufnahme und intrazellulären Verdauung in einem Phagolysosom der Fresszelle führt.