Unser Immunsystem hat gute und schlechte Seiten: Überschiessende oder inadäquate Immunantworten können krank machen. Beispiele dafür sind allergische Krankheiten wie Asthma oder Heuschnupfen.

• Parasiten können auf Grund von wirtsähnlichen Antigenen Immunreaktionen gegen Wirtssubstanzen auslösen. Das kann zu Autoimmunkrankheiten führen.
• Bei der Wirtsabwehr gegen intrazelluläre Parasiten wird nicht nur der Parasit, sondern auch seine Wirtszelle zerstört.
• Bei der Wirtsabwehr gegen Makroparasiten kommt es zur Gewebsschädigung, da die freigesetzten Effektormoleküle nicht nur gegen den Parasiten wirksam sind, oder weil Entzündungsreaktionen zu Fibrose oder Nekrose führen können.