Seit langem weiss man, dass bei Viren (Influenza oder HIV) durch Mutationen Antigene verändert werden können. Die Genomforschung hat in den letzten Jahren auch die klassischen Parasiten erfasst. Man hofft, in wenige Jahren das gesamte Genom von Plasmodium falciparum sequenziert zu haben. Der jeweils aktuelle Stand ist auf folgender Webseite abrufbar: http://www.sanger.ac.uk/Projects/P_falciparum/

Wichtige Plasmodium-Antigene, die als "Impfkandidaten" Bedeutung haben, sind hoch polymorph, d.h., ihre Gene liegen in einer grossen Anzahl von Allelen vor (Bsp. MSP-1, MSP-2 u.a.). (Zur Genotypisierung wird die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) verwendet. Damit können mehrere verschiedene Genotypen des Parasiten gleichzeitig festgestellt werden.) Bei bestimmten Antigenen sind spezielle Epitope dieser Antigene nur wenig verschieden von einander, was für die Erkennung durch das Immunsystem Probleme machen kann: eine Immunantwort gegen ein fast identisches Epitop wird unterbunden (Theorie von "antigenic sin").