Das am besten studierte Beispiel für Antigenvarianz ist bei afrikanischen Trypanosomen beschrieben. Die antigene Variation betrifft variable Oberflächen-Glykoproteine (VSG = variant surface glycoprotein), welche die ganze Parasitenoberfläche direkt bedecken ("coat"). Zur gleichen Zeit wird nur jeweils eines von mehreren hundert VSG-Genen exprimiert. "Wellen" von Trypanosomen mit verschiedenem VSG lösen sich wegen verzögerter adaptiver Immunantwort zeitlich ab. Die Hintergründe des Genwechsels sind im Detail studiert worden (Borst et al. 1999, Mol. Biochem. Parasitol 91, 67).

Das nachfolgende Schema zeigt den Verlauf einer Infektion mit Trypanosomen:

Auch bei Plasmodien gibt es Genfamilien, die antigene Variation zeigen. 50 var-Gene kodieren für Moleküle, die während der erythrozytären Schizogonie in die Oberfläche der Erythrozyten eingelagert werden. Dieses var-Genprodukte (PfEMP-1-Moleküle) sind an der zellulären Adhärenz ("Zytoadhärenz") der infizierten Erythrozyten an das Gefässendothel massgeblich beteiligt. Sie binden an eine Reihe verschiedener Liganden (v.a. ICAM-1, CD36 u.a.). Über die Regulation der var-Gene sind wir heute noch schlecht informiert. Vor kurzem wurden noch weitere Genfamilien bei P. falciparum nachgewiesen.